Прекрасный сад в старом городском овраге появился в Вятке благодаря инициативе полковника Алексея Андреевича Истомина, местного любителя природы, и был частным.

После Октябрьской революции сад национализировали, а в 1923 г. передали Вятскому педагогическому институту. Первыми саженцами стали пихты, и эта часть сада получила название «тайга». Во время Второй мировой войны сад чуть было не уничтожили, но директор университета смог отстоять его. В период с конца 30-х по 50-е гг. в Ботаническом саду появилось много экзотических и лекарственных растений, включая мичуринский белый виноград и канадскую пихту. С этого момента и по сей день сад является важным региональным научно-исследовательским центром изучения флоры. С 2019 г. здесь высаживают около 7 000 тюльпанов, а также розы, георгины и лилии.